Au nombre des places fortes, le château féodal de Kergoat et le château de Bodigneau figuraient en bonne et due place dans le système de défense de la Cornouaille du sud et servaient de garnison aux ligueurs. Cet état de fait demeura jusqu'à la prise de Quimper par le Maréchal d'Aumont qui, après sa victoire, ordonna le démantèlement des places fortes. Bodigneau bénéficia d'une mesure d'exception : l'article XVI de la capitulation que le Maréchal accorda le 11 octobre 1594 stipulait qu'à l'égard des fortifications de Bodigneau, y sera pourvu à leur démolition par Monsieur le Maréchal à la moindre faute et oppression que faire se pourra. Le peuple resta sage et Bodigneau échappa à la destruction. Quant aux fortifications de l'ancien château féodal de Kergoat, dont le système de défense s'appuyait sur la présence de deux étangs qui existent encore actuellement, elles furent démantelées. Seul subsista le corps de logis central qui fut épargné et devint la résidence des Penfentenio. En 1662, Jean de Penfentenio acheta Bodigneau à Barthélémy Rosmadec et obtint en 1680 l'érection en chatellenie de ses terres de Kergoat et de Bodigneau sous le nom de Cheffontaines, forme francisée de Penfentenio (pen : tête ou chef, fentenio : fontaine). En 1766, cette seigneurie fut érigée en marquisat et c'est alors que le nouveau marquis de Cheffontaines se construisit une résidence digne du titre dont Louis XV avait gratifié son fief. Bodigneau fut en grande partie abattu pour fournir ses beaux matériaux de granit à la construction de l'actuel château de Cheffontaines. Quant survint la Révolution, l'ensemble du château n'était pas encore terminé. Ainsi, les écuries et les pavillons jouxtant les douves ne furent jamais réalisés. Le parc comprenait de nombreuses essences rares et l'accès de la propriété se faisait par une grande avenue qui rappelle les vastes percées du Grand Siècle (dans sa partie la plus étroite, elle mesure 1, 10 m de large).